Este artículo compara las especies y variedades que vieron y describieron en el siglo XVI, los encomenderos de varios pueblos de Yucatán (así como las que aparecen en otros registros, tanto coloniales como actuales), con las especies y variedades que encontramos a fines de los años 80’s del siglo pasado, particularmente en el pueblo Xocén en el oriente de Yucatán. La conclusión es que los recursos fitogenéticos de la milpa no sólo no se perdieron, sino que se conservaron e incluso se enriquecieron a raíz de la conquista, con algunas interesantes introducciones. Como la milpa no sólo fue para el autoconsumo, sino que generó excedentes que sostuvieron a las grandes poblaciones precoloniales de la Península de Yucatán, en el escrito proponemos varias condiciones de aquellos tiempos, que pueden haber favorecido sus altos rendimientos.