Fundada a finales del siglo XVII, el templo de Abalá tiene como santo patrono a San Juan Bautista, para la mitad del siglo XVIII la iglesia se encontraba bajo la administración parroquial del curato de Muna.
Durante la época colonial lo que hoy es el municipio de Abalá se encontraba bajo el régimen de la encomienda. Sus Principales titulares fueron Francisco de Montejo «el Mozo», y don Juan Montejo Maldonado. La parroquia se encuentra en el centro del municipio al oeste de la plaza principal, la palabra Abalá según el Catálogo de construcciones religiosas de Yucatán significa «Agua del Ciruelo», pero los habitantes mencionan que puede tener dos significados ya sea «Ciruela de Agua» o «Lugar donde se dan las ciruelas».
Catalogo de Construcciones Religiosa de Yucatán, 1945, recopilado por Justino Fernandez.
Archivo Histórico de la Arquidiócesis de Yucatán, Visita pastoral del obispo Ignacio Padilla y Estrada, 1757.
Historia del Municipio de Abalá, Gobierno del Estado de Yucatán, extraído de: https://www.yucatan.gob.mx/estado/ver_municipio.php?id=1