La historia de la Catedral empieza cuando a principios de 1542, el conquistador de Yucatán Francisco de Montejo, El Mozo, trazó el plano de las calles de la futura ciudad de Mérida – San Bernabé de Mérida. En los primeros años “un sencillo edificio techado con guano” sirvió como iglesia.
En 1561 el Rey Felipe II de España expidió la Cédula Real que autorizaba la construcción de una Iglesia Catedral y que ésta se llamara de San Ildefonso, por el Arzobispo y patrono de Toledo. Con la ayuda de trescientos obreros indígenas, se inicia la construcción de la Catedral. Sobre las ruinas y con las piedras de los templos Mayas. Pero poco se progresó el trabajo. Fue hasta 1584, cuando, bajo la dirección de Diego de Magaña se adelantó el proyecto. El hablaba el Maya y así pudo comunicarse con los indígenas que trabajaban.
En 1586 se contrató al arquitecto Juan Miguel de Agüero, quien había trabajado en las fortificaciones de la Habana, para encargarse y terminar el proyecto.
En la bóveda, en forma de anillo de la cúpula, puede leerse la siguiente inscripción:
Reinando en las Españas e Indias Occidentales la majestad del rey Felipe segundo y siendo Gobernador y capitán general en su lugar teniente de estas provincias Dn. Diego Fernández de Velasco, se acabó esta obra. Fue maestro mayor de ella Juan Miguel de Agüero Año de 1598.
Los trabajadores fueron los indios mayas. Algunos nombres han sobrevivido: Francisco Pool fue uno de los carpinteros. Otro fue Diego Can, quien ganó 6 reales por 3 días de trabajo. Y a unos indios del pueblo de Umán se pagaban cinco tostones por cierta madera.
La Catedral se terminó oficialmente el 4 de noviembre de 1598, aunque a la entrada principal todavía le faltaba trabajo, y la torre al norte no se terminó sino hasta 1713. El 12 de diciembre de 1663, la Catedral fue consagrada por el Obispo Fray Antonio Alcalde.
Pasaron casi 200 años hasta que se modificó el plan original. Con el auge y la riqueza del henequén en 1905 se construyó el coro alto, sobre la entrado principal. Y desde ese tiempo se ha estado intocable.
